Любое медицинское учреждение нуждается в специальном оборудовании для хранения медицинских отходов с целью нейтрализации их потенциальной опасности. Традиционные методы уничтожения отходов такие как, сжигание и захоронение, у большинства специалистов вызывают много нареканий по безопасности и экологичности. Современные плазменные технологии, которые способы превращать практически любые отходы в инертные газы и металл за счет воздействия очень высоких температур (1300-1700 градусов) во время термической обработки. Поэтому современное оборудование для обращения с медотходами ориентируется на альтернативные способы и технологии утилизации.
Для термического обезвреживания опасных отработанных материалов используют специальные установки, которые подвергают мощному воздействию температуры 2000 градусов. В результате такого воздействия все болезнетворные бактерии и микроорганизмы погибают. Термические обеззараживающие установки весьма актуальны для обработки режущих инструментов и игл.

Достаточно широкое распространение получили и установки пиролиза, обеспечивающий результат, который можно сравнить с обычной инсенирацией (сжиганием), но отличающихся отсутствием образования диоксинов. Токсичные вещества во время пиролиза полностью нейтрализуются за счет предварительного разложения всех органических составляющих отходов в бескислородной среде.

Популярны и установки химического обеззараживания не измельченных или измельченных отходов. Благодаря воздействию химических веществ происходит полное уничтожение болезнетворных микроорганизмов, что приводит к нейтрализации эпидемиологической угрозы. Первые химические обеззараживатели обладали таким недостатком, как образование во время обеззараживания отходов токсичных веществ. Современные установки сравнительно безопаснее своих предшественников. В них отходы не просто измельчаются, но и обрабатываются специальным дезинфицирующим составом. За счет своих небольших размеров, химические обеззараживатели можно размещать даже в небольших помещениях.
Еще один вариант химического обеззараживания представлен термохимическими обеззараживателями, которые сочетают в себе нагрев отходов до высоких температур (150-160 градусов) и обработку средствами дезинфекции. Такие установки оснащены камерой стерилизации, шкафом управления, фильтровентиляционным шкафом. Для их размещения требуется помещение больших размеров.

Менее требовательными к размерам помещения, в котором необходимо установить оборудование такого типа, считаются установки СВЧ-обеззараживания. Принцип их работы заключается в высокочастотном микроволновом излучении. Особенностью таких установок является предварительное измельчение и увлажнение медицинских отходов с использованием специального сенсибилизирующего раствора. Эта особенность основывается на том, что СВЧ волны могут работать только во влажной среде.