К медицинским отходам категории В относят особо опасные отходы. Отходы отделений с больными анаэробной инфекцией, материалы, которые каким-либо образом контактируют с пациентами, имеющими особо опасные заболевания. Отходы из микологических больниц и из лабораторий, которые используют микроорганизмы, относящиеся к 1-2 группе патогенности.

Работа по обращению с отходами категории В, являющихся результатом деятельности медицинских организаций, должны быть организована в строгом соответствии требованиям к работе с возбудителями, относящимися к 1 и 2 группе патогенности, а также требованиям к профилактике туберкулеза и санитарной охране территорий.

Медицинские отходы категории В должны быть обязательно обеззаражены физическими методами (микроволновые, термические, радиационные и другие). Использование химических методов обеззараживания допускается лишь для дезинфекции выделений больных и пищевых отходов.  Вывоз непродезинфицированных и не обезвреженных отходов категории В за пределы территории учреждения строго запрещен.

Медотходы категории В подлежат сбору в одноразовую мягкую или твердую непрокалываемую тару (пакеты или контейнеры), которая имеет красный цвет или красную маркировку. Использованные режущие и колющие инструменты и материалы, а также другие изделия и предметы медицинского назначения собирают только в твердую  непрокалываемую и устойчивую к влаге тару (контейнеры), которая обладает высокой герметичностью.

Такая мягкая упаковка, как одноразовые пакеты для сбора медицинских и биологических отходов категории В должна закрепляться на специальных контейнерах или стойках-тележках.

Пакеты должны заполняться не более чем на ¾ от общего объема. После заполнения пакеты должны быть завязаны или закрыты при помощи бирок-стяжек или других приспособлений, которые обеспечат сохранность и предотвратят высыпание отходов из пакетов. Заполненные пакеты завязываются сотрудником ответственным за сбор медицинских отходов в конкретном подразделении учреждения.

Твердые непрокалываемые емкости (контейнеры) закрывают герметичными крышками. Перемещение отходов категории В за пределами территории подразделения в открытых емкостях (контейнерах) строго запрещено.

При окончательной упаковке отходов категории В и их транспортировке из подразделения все емкости, как пакеты, так и баки и контейнеры маркируются надписью «Отходы. Категория В». Кроме этого на них также указывается информация о названии учреждения и подразделения, дата и фамилия ответственного за сбор отходов сотрудника.

Медицинские отходы категории В помещают в специальные контейнеры и хранят в специальном помещения для временного хранения медотходов.