В современном мире существует несколько методов обработки медицинских отходов.

Химическая дезинфекция наиболее часто проводится с использованием средств, содержащих хлор. Довольно часто ее сочетают с механическими процессами, например, растворения или измельчения для того чтобы обеспечить более полное проникновение химических веществ.

Инсенирация представляет собой контролируемый процесс сжигания отходов медицинских учреждений в специальной печи, которая называется инсинаратор. Особенностью этого метода является необязательность сортировки отходов, благодаря полному их уничтожения при использовании инсенирации.

Автоклав представляет собой специальное устройство для стерилизации водяным паром под высоким давлением и при температуре более 100 градусов. Этот аппарат используется для стерилизации инструментов, белья, перевязочных материалов, посуды для бактериологических лабораторий и много другого. Также автоклавы могут применяться для стерилизации медотходов перед их утилизацией на полигоне. Действие автоклава основывается на поднимающейся температуры кипения воды при повышении давления.

После дезинфекции в автоклаве медотходы нужно подвергнуть дополнительной обработки, то есть измельчить, спрессовать или раздробить таким образом, чтобы их нельзя было идентифицировать и использовать повторно. После процедур стерилизации и уплотнения медотходы можно объединять с бытовыми и утилизировать на обычном полигоне.

Применение микроволн для дезинфекции медицинских отходов применяется совсем недавно. Такая обработка может осуществляться не только стационарно, но и на передвижных объектах. Для микроволновой обработки отходы, как правило, сначала измельчаются, а затем смешиваются с водой и подвергаются излучению микроволн. Равномерный нагрев, который обеспечивается образовавшимися в процессе теплом и паром, помогает эффективно нейтрализовать опасность всех биологических препаратов. За счет измельчения объем медицинских отходов можно уменьшить до 80%, при этом дальнейшая утилизация может происходить на обычном полигоне для бытовых отходов.

Альтернативными методами обеззараживания оборудования, материалов и отходов лечебно-профилактических учреждений являются стерилизация с использованием радиоактивного, ионизирующего или инфракрасного излучения. Обеззараживающий эффект ионизирующего излучения основан на обменных процессах клетки, в отличие от инфракрасного и радиоактивного излучения основаны на высокочастотным колебаниях, которые оказывают бактерицидное действие при помощи тепла, которое развивается в обрабатываемом предмете. Однако данными способами можно обеззаразить далеко не все медицинские отходы. Кроме этого, существует пусть и небольшой, но риск облучения персонала при использовании данного метода.

Метод обеззараживания выбирается в зависимости от класса опасности отходов и технической оснащенности предприятия, которое осуществляет утилизацию.