Кроме проблемы правильной и безопасной утилизации медицинских отходов, существуют и проблемы их сбора и хранения. Эти проблемы возникают в силу того, что достаточно большое количество медицинских учреждений строилось в те времена, когда еще все СанПиНы и СНИПы не выдвигали требование о наличии в составе учреждения здравоохранения специальных площадок для сбора и временного хранения опасных медицинских отходов, а также специальных сооружений для сжигания таких отходов.

Кроме этого, в России нет точной классификации медицинских отходов. Законодательные акты, касающиеся отходов, а в частности, Федеральный каталог классификации отходов МПР РФ не имеет раздела, который бы касался медицинских отходов. Медицинские отходы там обозначены одним кодом, то есть разграничения перечня отходов согласно его химических компонентов нет. По этой причине при разработке ПНООР появляется проблема определения класса опасности отходов. Так СанПиН 2.1.7.-728-99 разделяет все отходы деятельности лечебно-профилактических учреждений по степени их радиационной, токсикологической и эпидемиологической опасности на 5 классов:

Класс А – это неопасные отходы. К ним можно отнести, строительный мусор, инвентарь, мебель, а также пищевые отходы все отделений за исключением фтизиатрических и инфекционных и т.п.,

Класс Б – это потенциально-опасные отходы (рискованные отходы). К ним можно отнести отходы инструменты и материалы, которые загрязнены выделениями больных (в том числе кровью), патологоанатомические отходы, операционные отходы и другие потенциально инфицированные медицинские отходы,

Класс В – это очень опасные отходы. К ним относят все материалы, которые каким-либо образом контактируют с людьми, которые заражены особо опасными инфекциями, а также отходы микологических и фтизиатрических больниц и тому подобные отходы.

Класс Г – это медицинские отходы, которые по своему составу близки к промышленным. К таким отходам относят отходы от диагностических и лекарственных препаратов, лекарства и средства дезинфекции с истекшим сроком годности, оборудование и приборы, ртутьсодержащие материалы и тому подобное:

Класс Д – это радиоактивные отходы. К ним относят все виды отходов, которые в каком-либо количестве содержат радиоактивные компоненты.
В зависимости от того к какому классу относятся медицинские отходы, к ним применяют соответствующие требования и нормы к сбору, временному хранению и транспортировке к месту утилизации. Смешивание медицинских отходов разных классов опасности запрещено на любой из сбора и хранения. Исходя из класса опасности определяется и метод утилизации медицинских отходов. Таким образом, все этапы обращения с медицинскими отходами должны осуществляться согласно классу их опасности.

В соответствии с указаниями, содержащимися в СанПиН, медицинские отходы, относящиеся к классу опасности А, вывозят на полигоны для твердых бытовых отходов без каких-либо ограничений, а отходы класса опасности Б и В обезвреживают в специальных установках термическими методами.